6號線起于潘墩站，該站位于潘墩路、林浦路交叉口，設(shè)站前單渡線、站后折返線。
線路出站后向東，沿林浦路行至原福泉高速公路收費口，于福泉連接線北半幅設(shè)林浦站，與軌道交通4號線同臺換乘。結(jié)合北側(cè)地塊建設(shè)綜合交通樞紐。
線路沿福泉連接線東行至現(xiàn)狀蘆岐村附近設(shè)蘆岐站，站后設(shè)出入線接軌樟嵐停車場。然后線路繼續(xù)沿福泉連接線東行，至現(xiàn)狀梁厝村南側(cè)設(shè)梁厝站，與1 號線同臺換乘。1、6 號線四線并行至下洋村設(shè)下洋站，與1 號線平行站廳換乘，車站北端設(shè)兩股道停車線，并與1 號線設(shè)聯(lián)絡(luò)線。
線路出站后下穿東部新城規(guī)劃軸線河道，過三江路后設(shè)峒口，之后上坡接道慶洲大橋。跨烏龍江段本線與道慶洲大橋共建（本項目不含道慶洲大橋土建部分）。共建段長約4.7km，橋梁采用分層布置，上層為道路路面，下層為軌交通道。過烏龍江后繼續(xù)結(jié)合大橋沿203省道敷設(shè)，隨后跨沈海高速、三汊港，于省道S203、瀛洲路口東側(cè)設(shè)營前站，站臺東側(cè)設(shè)單股道停車線，與規(guī)劃軌道交通9號線“L”型通道換乘。
線路繼續(xù)沿省道S203路中敷設(shè)，經(jīng)長安路、長限村后于長樂環(huán)島設(shè)航城站。
之后繼續(xù)沿鄭和路東行，至奎橋路口設(shè)十洋站。
線路向東南轉(zhuǎn)向，至東鶴路、鰲山路口設(shè)鰲頭站。
出站后線路進入濱海新城，下穿嚴義山后至鶴梅線設(shè)鶴上站，站臺東側(cè)設(shè)停車線。
線路過省道S203進入濱海新城，設(shè)沙京站、蓮花站、濱海新區(qū)站、壺井站、萬壽站，其中蓮花站西端設(shè)出入線接軌橫港車輛段，中間風井出一根八字線接軌橫港車輛段；萬壽站與規(guī)劃軌道交通7號線節(jié)點換乘，站臺東側(cè)設(shè)兩股道折返線，線路轉(zhuǎn)向東北進入漳江大道走行，漳江大道上設(shè)尚遷站。
繼續(xù)沿漳江大道北行，于機場高速南側(cè)新塘埔附近設(shè)漳港站。
線路穿越機場高速路基段，轉(zhuǎn)至省道S201向東走行，再次向北轉(zhuǎn)向，沿機場高速北側(cè)轉(zhuǎn)入機場進場路，沿進場路西側(cè)綠化隔離帶走行，區(qū)間避讓規(guī)劃進場路下立交，至T1 樓現(xiàn)狀停車場下設(shè)機場站，為全線終點站，站前設(shè)單渡線，站后設(shè)四股道折返線兼停車線，與遠期機場城際線換乘。
2018年7月19日，據(jù)市發(fā)改委本次發(fā)布的消息，6號線東調(diào)段主要位于濱海CBD地區(qū)，西起在建萬壽站，沿途設(shè)花亭站、濱海CBD站、沙尾站、金濱路站、國際學校站。線路出站后沿規(guī)劃道慶路道路直行，至規(guī)劃道路交叉口設(shè)濱海北站，為地下二層車站，與規(guī)劃12號線通道換乘。線路出站后南拐至東西向規(guī)劃道路，并始終沿該規(guī)劃路直至終點。
東調(diào)段工程線路全長約5.29km，采用地下線敷設(shè)方式，設(shè)車站6座（含換乘站3座），平均站間距0.93km。最大站間距為1.51km（金濱路至國際學校站），最小站間距為0.60km（濱海CBD站至沙尾站）。
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